国家发改委等多个部门一直在研究降低物流行业的成本的措施。2009年物流产业调整和振兴规划，提出要“抓紧解决影响当前物流业发展的土地、税收、收费、融资和交通管理等方面的问题”，“针对当前产业发展中出现的新情况和新问题，研究制定系统的物流产业政策”。但是实际目前还没有取得较大的进展。
据了解，目前物流行业各个环节的营业税税率不一。不同环节的营业税率不一致，不仅不利于税收征管，也容易出现重复征税，更不利于物流行业的整体发展。为此，国家发改委和多个部门反复协商，确定将物流行业不同环节的5%、3%营业税税率，统一为3%。对此，除了财政部有些不同意见外，大部分部委都同意。但是最终到上报国务院时，决策层认为，物流行业属于服务业，物流业的税费改革应该纳入增值税扩围改革，进而取消营业税。
国家发改委经贸司副司长耿书海指出，“用增值税扩围来解决物流行业税收，这里面涉及下一步物流业增值税税率定多少的问题，如果定17%的话，物流业就被收垮了。”
“最后到底能实施一个怎样的税率，可能还要继续研究。”中国物流与采购联合会会副会长贺登才说。
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